RDkit化合物の記述子化まとめ
化合物の構造情報から生成できる変数（記述子）のまとめ 前準備 使用するデータ 1290分子の水溶解度（LogS）データ（sdfファイル形式）の内、20分子を使用 （金子研究室HPのデータセットから取得） モジュールのインストール conda...
RDkit
実践化合物の溶解度予測（予測の信頼性も評価する）
化合物の溶解度予測（基礎編）をベースにして、今回は予測の信頼性（=予測値の分散=予測値がどれだけ不安定か）も合わせて評価した。 具体的には、分割の異なる訓練・テストデータを使って何度も予測を行うことで、予測値がどれだけブレるか検証した。 目...
実践化合物の溶解度予測（基本編）
オープンになっているデータセット、具体的には1290化合物の水溶解度のデータで構造物性相関解析（いわゆるQSPR）を行う。 目的 分子の水溶解度（LogS）を予測すること 諸条件 データ 1290分子の水溶解度（LogS）データ（sdfファ...
データpubchem から化合物情報を一気に取得する
目的 化合物の基本的な情報（化合物名やCASなど）から、その化合物の情報（カノニカルSMILESや、分子量などの基本的な記述子）を取得する。 （SMILES情報があれば記述子を計算→化合物の物性予測の変数として使用できるが、SMILESを収...
データ外部データベースのまとめ（ケモインフォマティクス ）
主にケモインフォマティクスで活用できそうな外部データベースのまとめ。 API利用などで一括取得が可能なDB Pubchem 化合物のデータベース。(APIを使った自動取得が可能） (参考：pubchem から化合物情報を一気に取得...