RDkit

技術レポート再現（フィンガープリントによる化合物の予測根拠可視化 | 三井化学）

これまでの記事では、Fingerprintの可視化や構造式描画のカスタマイズについてまとめてきた。今回は、それらでまとめてきた手法を駆使して、機会学習による化合物の物性予測根拠の可視化を実施する。具体的には、第43回ケモインフォマティク...

技術レポート再現

rdMolDraw2Dモジュールを使って構造式描画をカスタマイズ

前回の記事では、原子ごとに類似度の寄与率を可視化することができるメソッドSimilarityMapsを使って、TPSAなどの分子記述子に対する各原子の寄与を可視化する方法についてまとめた。今回は類似度マップ（SmililarityMaps...

分子記述子への各原子の寄与率を可視化する

原子ごとに類似度の寄与率を可視化することができるメソッドSimilarityMapsを使って、TPSAなどの分子記述子に対する各原子の寄与を可視化する方法についてまとめた。 (本記事は「化学の新しいカタチ」の内容を簡潔にまとめたものです。よ...

Fingerprintの可視化について

フィンガープリント（Fingerprint）をRDkitで可視化する方法についてまとめた。（本記事は「化学の新しいカタチ」の内容を簡潔にまとめたものです。より詳しい内容はそちらに載っています）フィンガープリントについてフィンガープリン...

RDkitを用いた分子構造生成２（A-B-C型）

BRICSによって生成したフラグメントを組み合わせることで新しい分子構造を生成する。(BRICSについて) 前回は、二つのフラグメント(A,B)を結合することで、A-B型の分子を生成したが、今回は、三つのフラグメント（A,B,C）を結合させ...

RDkitを用いた分子構造生成１（A-B型）

BRICSによって生成したフラグメントを組み合わせることで新しい分子構造を生成する。(BRICSについて) 以前は、BRICSBuildによってランダムに構造を生成したが、今回は、二つのフラグメント（A, B）を結合させることで新たな分子（...

BRICSBuildによる分子構造生成

BRICSによって生成したフラグメントを組み合わせることで新しい分子構造を生成する。(BRICSについて)　生成した分子群（仮想分子ライブラリー）は逆解析時の候補分子として利用可能。このような構造生成器を Building blockタイ...

RDkitを用いた分子操作（分子のフラグメント化）

逆解析（分子探索）を行う際の、分子の生成に使用する部分構造（フラグメント）を準備する。今回は、水溶解度データ（金子研究室HPのデータセット）に含まれる1290分子の構造をフラグメント化する。検討するフラグメント手法は以下の２つ ...

RDkitを用いた3D構造の最適化

前準備モジュールのインストール conda install -c conda-forge rdkit pip install py3Dmol 分子の準備適当な分子を準備する。 #分子の準備 mol = Chem.MolFromSmile...

RDkit を用いた分子の骨格変換

前準備モジュールのインストール conda install -c conda-forge rdkit データの準備 1290分子の水溶解度（LogS）データ（sdfファイル形式）（金子研究室HPのデータセットを利用）分子構造の操作（コ...

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