記述子

高分子化学

ハンセン溶解度パラメーターと溶解パラメーター(SP値)について

ハンセン溶解度パラメーターとは 物質の溶解性に用いられる値(Charles M. Hansenが1967年に博士論文で発表した) HSP(Hansen solubility parameter)とも呼ばれる 以下の3つのパラメーターから構...
RDkit

rdMolDraw2Dモジュールを使って構造式描画をカスタマイズ

前回の記事では、原子ごとに類似度の寄与率を可視化することができるメソッドSimilarityMapsを使って、TPSAなどの分子記述子に対する各原子の寄与を可視化する方法についてまとめた。 今回は類似度マップ(SmililarityMaps...
RDkit

分子記述子への各原子の寄与率を可視化する

原子ごとに類似度の寄与率を可視化することができるメソッドSimilarityMapsを使って、TPSAなどの分子記述子に対する各原子の寄与を可視化する方法についてまとめた。 (本記事は「化学の新しいカタチ」の内容を簡潔にまとめたものです。よ...
RDkit

Fingerprintの可視化について

フィンガープリント(Fingerprint)をRDkitで可視化する方法についてまとめた。 (本記事は「化学の新しいカタチ」の内容を簡潔にまとめたものです。より詳しい内容はそちらに載っています) フィンガープリントについて フィンガープリン...
RDkit

化合物の記述子化まとめ

化合物の構造情報から生成できる変数(記述子)のまとめ 前準備 使用するデータ 1290分子の水溶解度(LogS)データ(sdfファイル形式)の内、20分子を使用 (金子研究室HPのデータセットから取得) モジュールのインストール conda...