可視化

ChemPlotを使ったケミカルスペースの可視化

ChemPlotとは化学空間（ケミカルスペース｜chemical space）を可視化することを目的としたケモインフォマティクスツール。（要は、沢山の分子構造からなるデータセット中の各分子を、2次元上（のグラフ）にいい感じにプロットして...

化学データ可視化

pythonを使った三角ダイアグラム（ternary plot）の描画

三角プロット（ternary diagram）とは三角プロット（ternary diagram）は，3成分のデータを三角形のグラフにプロットしたもので、3成分の相対的な割合（組成データなど）をによって，正三角形の位置でグラフ化する。プロッ...

変数のクラスタリングとデンドログラム作成

回帰分析やクラス分類をする際、ある2つの説明変数間に強い相関がある（=相関係数の絶対値が大きい）とき、それらの変数のうちどちらか1つの変数を削除する必要がある。単に、説明変数の数を減らすだけならこの方法で問題ないが、モデルに解釈な必要な変数...

Matplotlibで3次元の散布図を描画する

コード from matplotlib import pyplot as plt import numpy as np from mpl_toolkits.mplot3d.axes3d import Axes3D #グラフをポップアップで...

matplotlibを日本語表示対応にする方法

1.japanize matplotlib をインストールする pip install japanize-matplotlib 2.japanize_matplotlibをmatplotlibと共にインポートする import matplo...

技術レポート再現（フィンガープリントによる化合物の予測根拠可視化 | 三井化学）

これまでの記事では、Fingerprintの可視化や構造式描画のカスタマイズについてまとめてきた。今回は、それらでまとめてきた手法を駆使して、機会学習による化合物の物性予測根拠の可視化を実施する。具体的には、第43回ケモインフォマティク...

RDkit を用いた分子構造の描画

前準備モジュールのインストール conda install -c conda-forge rdkit conda install xlsxwriter 分子構造の描画モジュールのインポート import pandas as pd fro...