可視化

化学データ可視化

ChemPlotを使ったケミカルスペースの可視化

ChemPlotとは 化学空間(ケミカルスペース|chemical space)を可視化することを目的としたケモインフォマティクスツール。 (要は、沢山の分子構造からなるデータセット中の各分子を、2次元上(のグラフ)にいい感じにプロットして...
可視化

pythonを使った三角ダイアグラム(ternary plot)の描画

三角プロット(ternary diagram)とは 三角プロット(ternary diagram)は,3成分のデータを三角形のグラフにプロットしたもので、3成分の相対的な割合(組成データなど)をによって,正三角形の位置でグラフ化する。プロッ...
可視化

変数のクラスタリングとデンドログラム作成

回帰分析やクラス分類をする際、ある2つの説明変数間に強い相関がある(=相関係数の絶対値が大きい)とき、それらの変数のうちどちらか1つの変数を削除する必要がある。単に、説明変数の数を減らすだけならこの方法で問題ないが、モデルに解釈な必要な変数...
tips

Matplotlibで3次元の散布図を描画する

コード from matplotlib import pyplot as plt import numpy as np from mpl_toolkits.mplot3d.axes3d import Axes3D #グラフをポップアップで...
tips

matplotlibを日本語表示対応にする方法

1.japanize matplotlib をインストールする pip install japanize-matplotlib 2.japanize_matplotlibをmatplotlibと共にインポートする import matplo...
実践

技術レポート再現(フィンガープリントによる化合物の予測根拠可視化 | 三井化学)

これまでの記事では、Fingerprintの可視化や構造式描画のカスタマイズについてまとめてきた。 今回は、それらでまとめてきた手法を駆使して、機会学習による化合物の物性予測根拠の可視化を実施する。 具体的には、第43回ケモインフォマティク...
RDkit

RDkit を用いた分子構造の描画

前準備 モジュールのインストール conda install -c conda-forge rdkit conda install xlsxwriter 分子構造の描画 モジュールのインポート import pandas as pd fro...