SA スコアを使った合成難易度の見積もり
ケモインフォマティクスにおける逆解析では、何か有用そうな化合物構造が得られたとしても、>その化合物が実際に合成でき […]
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RDkit
rdMolDraw2Dモジュールを使って構造式描画をカスタマイズ
前回の記事では、原子ごとに類似度の寄与率を可視化することができるメソッドSimilarityMapsを使って、TPSAな […]
分子記述子への各原子の寄与率を可視化する
原子ごとに類似度の寄与率を可視化することができるメソッドSimilarityMapsを使って、TPSAなどの分子記述子に […]
Fingerprintの可視化について
フィンガープリント（Fingerprint）をRDkitで可視化する方法についてまとめた。 （本記事は「化学の新しいカタ […]
RDkitを用いた分子構造生成２（A-B-C型）
BRICSによって生成したフラグメントを組み合わせることで新しい分子構造を生成する。(BRICSについて) 前回は、二つ […]
RDkitを用いた分子構造生成１（A-B型）
BRICSによって生成したフラグメントを組み合わせることで新しい分子構造を生成する。(BRICSについて) 以前は、BR […]
BRICSBuildによる分子構造生成
BRICSによって生成したフラグメントを組み合わせることで新しい分子構造を生成する。(BRICSについて) 生成した分子 […]
RDkitを用いた分子操作（分子のフラグメント化）
逆解析（分子探索）を行う際の、分子の生成に使用する部分構造（フラグメント）を準備する。 今回は、水溶解度データ（金子研究 […]
RDkitを用いた3D構造の最適化
前準備 モジュールのインストール conda install -c conda-forge rdkit pip inst […]
RDkit を用いた分子の骨格変換
前準備 モジュールのインストール conda install -c conda-forge rdkit データの準備 1 […]