分子構造

RDkit

RDkitを用いた分子構造生成2(A-B-C型)

BRICSによって生成したフラグメントを組み合わせることで新しい分子構造を生成する。(BRICSについて) 前回は、二つのフラグメント(A,B)を結合することで、A-B型の分子を生成したが、今回は、三つのフラグメント(A,B,C)を結合させ...
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RDkitを用いた分子構造生成1(A-B型)

BRICSによって生成したフラグメントを組み合わせることで新しい分子構造を生成する。(BRICSについて) 以前は、BRICSBuildによってランダムに構造を生成したが、今回は、二つのフラグメント(A, B)を結合させることで新たな分子(...
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BRICSBuildによる分子構造生成

BRICSによって生成したフラグメントを組み合わせることで新しい分子構造を生成する。(BRICSについて) 生成した分子群(仮想分子ライブラリー)は逆解析時の候補分子として利用可能。 このような構造生成器を Building blockタイ...
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RDkitを用いた3D構造の最適化

前準備 モジュールのインストール conda install -c conda-forge rdkit pip install py3Dmol 分子の準備 適当な分子を準備する。 #分子の準備 mol = Chem.MolFromSmile...
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RDkit を用いた分子の骨格変換

前準備 モジュールのインストール conda install -c conda-forge rdkit データの準備 1290分子の水溶解度(LogS)データ(sdfファイル形式) (金子研究室HPのデータセットを利用) 分子構造の操作(コ...
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RDkit を用いた分子構造の描画

前準備 モジュールのインストール conda install -c conda-forge rdkit conda install xlsxwriter 分子構造の描画 モジュールのインポート import pandas as pd fro...