化学

RDkit

RDkitを用いた3D構造の最適化

前準備 モジュールのインストール conda install -c conda-forge rdkit pip install py3Dmol 分子の準備 適当な分子を準備する。 #分子の準備 mol = Chem.MolFromSmile...
RDkit

RDkit を用いた分子の骨格変換

前準備 モジュールのインストール conda install -c conda-forge rdkit データの準備 1290分子の水溶解度(LogS)データ(sdfファイル形式) (金子研究室HPのデータセットを利用) 分子構造の操作(コ...
RDkit

RDkit を用いた分子構造の描画

前準備 モジュールのインストール conda install -c conda-forge rdkit conda install xlsxwriter 分子構造の描画 モジュールのインポート import pandas as pd fro...
RDkit

化合物の記述子化まとめ

化合物の構造情報から生成できる変数(記述子)のまとめ 前準備 使用するデータ 1290分子の水溶解度(LogS)データ(sdfファイル形式)の内、20分子を使用 (金子研究室HPのデータセットから取得) モジュールのインストール conda...