化学

高分子化学

ポリマーのガラス転移温度について

ケモインフォマティクスでの高分子の解析事例として度々登場するガラス転移温度についてまとめた。 (ここの記事はポリマーのガラス転移温度に関する内容です) ガラス転移点とは (樹脂,ポリマーの場合)ゴム状態から固化状態(ガラス状態)になる境界の...
高分子化学

ハンセン溶解度パラメーターと溶解パラメーター(SP値)について

ハンセン溶解度パラメーターとは 物質の溶解性に用いられる値(Charles M. Hansenが1967年に博士論文で発表した) HSP(Hansen solubility parameter)とも呼ばれる 以下の3つのパラメーターから構...
RDkit

rdMolDraw2Dモジュールを使って構造式描画をカスタマイズ

前回の記事では、原子ごとに類似度の寄与率を可視化することができるメソッドSimilarityMapsを使って、TPSAなどの分子記述子に対する各原子の寄与を可視化する方法についてまとめた。 今回は類似度マップ(SmililarityMaps...
RDkit

分子記述子への各原子の寄与率を可視化する

原子ごとに類似度の寄与率を可視化することができるメソッドSimilarityMapsを使って、TPSAなどの分子記述子に対する各原子の寄与を可視化する方法についてまとめた。 (本記事は「化学の新しいカタチ」の内容を簡潔にまとめたものです。よ...
RDkit

Fingerprintの可視化について

フィンガープリント(Fingerprint)をRDkitで可視化する方法についてまとめた。 (本記事は「化学の新しいカタチ」の内容を簡潔にまとめたものです。より詳しい内容はそちらに載っています) フィンガープリントについて フィンガープリン...
量子化学

Pythonで量子化学計算(Psi4)

オープンソースの量子化学計算ソフトウェア(Psi4)の使用方法についてのまとめ。 使い方(主にコード)は、化学の新しいカタチ、ご注文はリード化合部ですか?を参考にさせていただきました。ありがとうございました。 (詳しい使い方などの情報は、上...
RDkit

RDkitを用いた分子構造生成2(A-B-C型)

BRICSによって生成したフラグメントを組み合わせることで新しい分子構造を生成する。(BRICSについて) 前回は、二つのフラグメント(A,B)を結合することで、A-B型の分子を生成したが、今回は、三つのフラグメント(A,B,C)を結合させ...
RDkit

RDkitを用いた分子構造生成1(A-B型)

BRICSによって生成したフラグメントを組み合わせることで新しい分子構造を生成する。(BRICSについて) 以前は、BRICSBuildによってランダムに構造を生成したが、今回は、二つのフラグメント(A, B)を結合させることで新たな分子(...
RDkit

BRICSBuildによる分子構造生成

BRICSによって生成したフラグメントを組み合わせることで新しい分子構造を生成する。(BRICSについて) 生成した分子群(仮想分子ライブラリー)は逆解析時の候補分子として利用可能。 このような構造生成器を Building blockタイ...
RDkit

RDkitを用いた分子操作(分子のフラグメント化)

逆解析(分子探索)を行う際の、分子の生成に使用する部分構造(フラグメント)を準備する。 今回は、水溶解度データ(金子研究室HPのデータセット)に含まれる1290分子の構造をフラグメント化する。 検討するフラグメント手法は以下の2つ ...